Este programa se concentra en el estudio de poblaciones bacterianas, su diversidad y taxonomía, así como en la base molecular de las funciones bacterianas que participan en las interacciones de las bacterias con las plantas, animales y humanos. Además de estos aspectos de la investigación básica, se desarrollan aplicaciones para el mejoramiento del ambiente, la agricultura y la medicina.
El programa comprende tres grupos independientes con seminarios en común e interacción académica constante.
El Grupo de Microbiología Ambiental y Simbiótica estudia las bacterias fijadoras de nitrógeno en los nódulos de las legumbres, incluyendo árboles mexicanos utilizados en los programas de reforestación, poblaciones rhizobiales de la selva tropical y áreas cultivadas, endófitos rhizobiales del maíz y simbiontes artrópodos.
El Grupo de Microbiología del Suelo y Agrícola analiza la distribución de las bacterias fijadoras de nitrógeno rhizosféricas y endofíticas, asociadas con las plantas de las cosechas y su uso potencial en la promoción del crecimiento de las plantas, control biológico y bioremediación.
El Grupo de Interacciones entre Pro- y Eucariotes tiene el objetivo de comprender la forma en que la superficie de las células bacterianas y sus membranas se alteran bajo condiciones de estrés o cuando entran en contacto con organismos superiores, así como las implicaciones funcionales asociadas con estos cambios.