Cuando se inauguró el Centro de Investigación sobre Fijación e Nitrógeno, el laboratorio del Dr. Rafael Palacios encontró que los genes que codifican para la enzima nitrogenasa se encuentran reiterados en Rhizobium. Este descubrimiento dio inicio a una nueva línea de investigación que llevó a entender mejor la organización y dinámica de los genomas bacterianos.
Nuestra investigación mostró que, con base en la secuencia de DNA de un genoma, es posible predecir e identificar los rearreglos potenciales que dicho genoma puede producir como producto de eventos de recombinación homóloga no alélica. Más aún, utilizando métodos de selección artificial, es posible aislar subpoblaciones bacterianas enriquecidas para rearreglos específicos.
La principal contribución de este programa ha sido la demostración de una nueva estrategia experimental para manipular genomas bacterianos, conocida como diseño genómico natural. Esto permite obtener cepas bacterianas con estructuras genómicas alternas a las cepas originales. Actualmente estamos iniciando una nueva línea de investigación centrada en la dinámica del genoma humano. Nuestro trabajo pretende demostrar que el genoma humano presenta rearreglos recurrentes derivados de eventos de recombinación homóloga no alélica y que dichos rearreglos tienen un papel fundamental en la variación genómica en la población humana.