Genómica Funcional de Procariotes
Con genómica comparativa encontramos que en R.etli, S.meliloti, M.loti, A.tumefaciens y B.melitensis una alta proporción de sus genes cromosomales son sinténicos (conservan el orden) y en comparación con los no sinténicos muestran mayor organización en operones, restricción al cambio, esencialidad e interacción funcional. Los sinténicos muestran una proporción de residuos comunes y otra de propios (la firma de la especie). ¿Hay mayor interrelación evolutiva en los sinténicos?, ¿Cuál es el significado funcional de la firma de la especie? Para ello seguimos 2 líneas:
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Analizamos los genes sinténicos y no sinténicos comunes en esos Rhizobiales por identidad, similitud y filogenia.
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Mutagenizamos argC (sinténico esencial de la síntesis de arginina) en S.meliloti y lo sustituimos con el gene de los otros Rhizobiales para evaluar la influencia de las firmas en el ajuste enzimático, la restitución de la prototrofía y la formación de metabolones.
Además, en el Laboratorio de Proteómica se analizan el proteoma, fosfoproteoma y transcriptoma de R.etli y S.meliloti para determinar la expresión global del genoma en el metabolismo fermentativo y aeróbico, simbiosis, en condiciones de estrés y en desarrollo de biofilms, de una sola especie y en comunidad con eucariotes como S.cerevisiae. De igual forma hemos iniciado proyectos de proteómica buscando factores específicos en cáncer cervicouterino, como biomarcadores en plasma de pacientes con esta patología, y cambios en el fosofoproteoma en líneas celulares de cáncer.